amsmyahさん、はじめまして。

snrの値の計算そのものは乱数の影響は受けないはずです。
QualNetのWiFiではBERカーブを使用してエラー判定を行いますが、
具体的には希望波の受信が終了してから判定処理を行います。
もしソースコードが参照可能であれば、
./libraries/wireless/src/wifi/phy_dot11ax.cppにある
Dot11axReception::checkPacketError関数と、
Dot11axReception::inError関数を参照して下さい。
この処理で乱数を使用しているのでseedにより乱数発生が
変化するとエラー判定結果に影響が出ます。

このあたりの詳しい内容は下記を参照して下さい。
QualNetのバージョンは古いですが、処理している内容に大きな変更はありません。
https://simweb.kke.co.jp/download/QualNetHacks-03-PhyAndPropChannel-rev01.pdf

またWiFiにはBackOffなどの乱数を使用したタイマーもあるので、
その影響があるかもしれません。

また疑問点などございましたら、お知らせください。