少し長くなってしまいました。

> WifiのチャネルとPropagationで設定するチャネルは違うとの事ですが、
> WiFiのチャネルは物理層のチャネルとは違うのですか?

Wi-FiのチャネルとPropagationのチャネルそれぞれ物理層ではあるのですが、
シミュレーションにおける使い方が異なります。

ざっくりとした説明になりますが、Propagationはある意味本当の物理層で、
プロトコルとは無関係の物理層の設定になります。
一方でWi-Fiの方は、Wi-Fiプロトコルで定義されている物理層の設定です。

Propagationで定義するのは伝搬関連の設定項目です。
例えば、以下のような設定を行います。
PROPAGATION-CHANNEL-FREQUENCYは周波数で、他のPropagation設定に影響します。
PROPAGATION-PATHLOSS-MODELはpathloss設定で、いわゆる距離減衰方式設定です。
色々な距離減衰方式では距離だけでなく周波数も考慮しています。一般的には
高周波数は減数が大きく電波が届きにくく、低周波数は電波が届きやすいです。
PROPAGATION-SHADOWING-MODELやPROPAGATION-FADING-MODELは揺らぎに関する設定。
PROPAGATION-LIMITはシミュレーションで無視しても良い電波の下限値設定。
これらの設定は、Wi-Fiなどのプロトコルとは無関係です。

次に、Wi-Fiの設定ですが、これはWi-Fiプロトコルで物理層(電波)をどのように
使うのかを設定します。
例えば、以下のような設定を行います。
PHY802.11-DATA-RATEは802.11における物理層のデータレート(bit/sec)。
PHY802.11-FREQUENCY-BANDはWi-Fiで定められた周波数帯域(2.4GHz,5GHz)。
なお、この周波数帯域で2.4GHzと指定していて、Propagationで5GHzと指定しても
(意味があるかどうかは関係なく)シミュレーションは実行可能です。
PHY802.11-20MHz-CHANNEL-INDEXこれがWi-Fiプロトコルで定められている、
いわゆる中心周波数を決定するための設定。
PHY802.11-TX-POWER-1MBPS送信電力。
PHY802.11-RX-SENSITIVITY-1MBPS受信感度。
この設定はWi-Fiプロトコルの設定なので、他のプロトコルでは別の設定です。

> WiFiの同じチャネルを使用した場合は物理層の干渉は起きえないのでしょうか?
干渉というのが周波数の重なり、という事であれば起きえません。
干渉させるためには複数のWi-Fiチャネルを指定して、周波数を重ねる必要があります。
./Scalable/qualnet/9.2.1/scenarios/inter-channel_interference/Wi-Fi
上記シナリオは、以下の2つのWi-Fiチャネルを指定しています。
[190.0.1.2] PHY802.11-20MHz-CHANNEL-INDEX 4
[190.0.2.2] PHY802.11-20MHz-CHANNEL-INDEX 12
これを少し変更して以下のように13種類にします。
[190.0.1.2] PHY802.11-20MHz-CHANNEL-INDEX 1に固定。
[190.0.2.2] PHY802.11-20MHz-CHANNEL-INDEX 1から13まで変化させる。
これら13種類を実行させて、物理層のエラーを見ると以下の様になります。
左側の数字は[190.0.2.2] PHY802.11-20MHz-CHANNEL-INDEXのチャネル番号です。


[190.0.2.2] PHY802.11-20MHz-CHANNEL-INDEX 5からエラーがほぼ一定になりました。
2.4GHz帯で20MHz幅の場合、
チャネル1は2402MHzから2422MHz、チャネル5は2422MHzから2442MHzを使うので
使用する周波数が重ならないのでエラーが少ないです。
若干の変動は乱数の影響です。
また、実際のIEEE 802.11では厳密に20MHzではなく多少広がった釣鐘型に
電波が漏れることが考慮されていますが、QualNetではきっちり20MHzで
処理をしています。

> あと、5GHz帯だと36や40などがChannel Indexで指定できますが、
> これは送受信ともにこのインデックスを使用するという意味でしょうか?
はい、送受信共に指定したChannel Indexを使用します。

> WiFiのシミュレーションの場合、Propagationで設定するチャネルは
> 一つだけでよろしいのでしょうか?
実際のシミュレーション内容にも依存しますが、一般的には1つで構いません。
例えば、AP1とそのAP1に接続するSTA群Pathlossに自由空間損失を使い、
AP2とそのAP2に接続するSTA群は大地反射空間損失を使う。という場合は
Propagationで2種類(2つ)を指定する必要があります。