まず、QualNetはコマンドラインで実行することができます。
QualNet実行がWindows環境か、Linux環境で微妙に異なりますが
基本的な操作はシナリオのあるディレクトリに移動して、
QualNet シナリオファイル.config です。

次にチャネル割当てですが、これはWi-Fiにおける2.4GHz帯なら
1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,[14]
5GHz帯なら、
36,40,44,48, 52,56,60,64, 100,104,108,112,116,120,124,128,132,136,140
というチャネル番号への割当てでしょうか。
なお、これらのチャネル番号は./data/Wi-Fi_Country_Profiles.json で
国別に使用可能なチャネル番号が定義されています。2.4GHz帯にはJPが
ありますが、5GHz帯にはJPがないので注意して下さい。
5GHz帯を使う場合この ./data/Wi-Fi_Country_Profiles.json を編集する
必要があります。
デフォルトは PHY802.11-COUNTRY-CODE US でアメリカ設定です。
詳細については、下記pdfを参照して下さい。
./documentation/ModelLibraries/QualNet-9.2.1-Wireless-ModelLibrary.pdf

上記のチャネル番号はシナリオファイル.config で指定することになります。
具体的には以下のパラメタですが詳細については、先ほどのpdfを参照して下さい。
PHY802.11-20MHz-CHANNELINDEX
PHY802.11-40MHz-CHANNELINDEX
PHY802.11-80MHz-CHANNELINDEX
PHY802.11-160MHz-CHANNELINDEX

バッチ処理については、コマンドライン実行を連続で行うことになります。
コマンドライン実行時のパラメタ指定でチャネル番号を指定することは
できないので、チャネル番号別のシナリオを作成してそれらを連続で実行します。

なお、シミュレーション実行中に動的にチャネル番号を変更したい場合には、
チャネル番号別のAP(アクセスポイント)をシナリオに設定して、
そのAPに接続するようにSTA(ステーション)側を移動させることになります。