管理人です。

まず、QualNet8(QualNet9も同様)からQualNetの内部構成が変更になりました。
変更されたのは主に内部構成なので、GUIを含めたQualNetの使い方の変更はなく、
QualNet7.4等の旧バージョンを利用して頂いている方々でも違和感なくご利用
頂けます。

ただし、従来の有料トレーニング資料のDay2やDay3の内容については、最新の
QualNet8やQualNet9の内容と一致しない部分が多々あります。

QualNet内部のMESSAGEの扱いやレイヤ構成は従来の考え方を踏襲していますが、
関数のインターフェース等はC++の要素を取り込んでおり、QualNet7.4までの
手法が使えなくなっている部分があります。

APPLICATIONレイヤについては、従来手法と最新手法が混在していますが、MACや
PHYレイヤについては従来手法が最新手法に置き換えられていますのでご注意下さい。
例えば、
Qualnet::MacModel::Registration<GenericMacData>
Qualnet::PhyModel::Registration<PhyAbstractModel>
のような記述になりました。

このあたりの詳細については、QualNet-8.0-ProgrammersGuide.pdfに記載され
いますので、4 Developing Protocol Models in QualNet の各レイヤ部分を
参照願います。

次に、具体的なソースコードの配置ですが、同じくQualNet-8.0-ProgrammersGuide.pdfの
2.1 Extracting Source Code and File Organization を参照願います。
ソースコード展開、2.1.1 Extracting QualNet Source Code
ディレクトリ構成、2.1.2 QualNet Installation File Organization
ファイル構成、2.1.3 QualNet Source Code File Organization
などが記載されています。

なお、QualNet8.0の場合、利用環境に合わせてqualnet-8.0-source.tar.xzや
qualnet-8.0-source.zip を展開して頂けば従来と同じ場所に、
./qualnet-8.0/include/application.h
./qualnet-8.0/main/application.cpp
などがインストールされます。