情報ありがとうございました。
具体的なメンバ詳細はともかく、node.hに対する追加場所は
たぶん問題なさそうですね。

ということは、node.cppに対する改造の確認が必要です。
問題が出た関数NETWORK_PreInitの前に実行される処理で
改造を行った部分の確認とおいことです。

まず、Node作成/初期化を行うNODE_CreateNode関数と、
NETWORK_PreInit関数が実行される順序を確認して下さい。

もし、NODE_CreateNode関数に追加した初期化処理部分に
問題があれば、それ以降に実行される処理に影響が出る
可能性があります。

ついでですが、
node->networkData.networkProtocol が IPV4_ONLY であるかとは
確認ができているということでした。さらに、
switch文の以下の部分が実際に実行されている、という確認は
終わっていると、思ってよいですか。
case IPV4_ONLY:
{
NetworkIpPreInit(node);
break;
}
実際にNetworkIpPreInit関数が呼び出されていて、
きちんとbreak;に戻っているという確認のことです。

にもかかわらず、今回の問題はdefault:の部分も
実行されているという現象ですよね。

デバッガ使ってみませんか、このように1日単位で相互に
情報交換するよりも早く、すぐに原因がわかると思いますよ。