GUIではないのですが、Statistics Databaseの機能ではだめでしょうか？

例えばQualNet-7.3-StatisticsDatabase-UsersGuide.pdfの「2.1.3.2 Transport Aggregate Table」などを見ると、SQLiteなどのDBには時間毎に出力できそうな気がします。

以下にサンプルシナリオとサンプルの結果がありました。
C:\Scalable\qualnet\7.3\scenarios\statsdb\Aggregate_Tables

まずはサンプルのデータベースを見てみて、目的のものかを確認して頂くと良いと思います。

Statistics Databaseの使い方や、テーブルの意味などは説明できないので、前述のマニュアルを読んで下さい。