> 全体のスループットが時間ごとにどうなっているかを確認する方法はありませんか？
かなり限定されていますが、一応あります。

操作方法の詳細は、QualNet-7.4-UsersGuide.pdf の
5.3.5.6 Dynamic Statistics Command を参照して下さい。

簡単に説明すると、以下の手順です。

シミュレーション実行『Run Simulation』をクリック。
『Play』をクリックする前に以下の操作を行う。
画面上部にあるメニュー『Animation』を選択。
プルダウンから『Dynamic Statistics』までマウスを動かして、
『Scenario Dynamic Statistics...』をクリック。

プロパティ画面が表示されるので、下の方にある
4つの『Throughput for なんとか』の希望するものをチェック。
このチェックは複数可能。

プルダウンの『PerNode』(棒グラフ)か『Aggregate』(折れ線グラフ)を選択。
プロパティ画面を『OK』で閉じるとグラフ画面が出てくる。

ここで『Play』をクリックする。

グラフがリアルタイムで表示される。

という機能です。

ところが、このグラフを保存する機能がないのです。
Analyzerのグラフは『CTRL+I』でイメージファイルとして保存できるのですが、
Dynamic Statisticsのグラフには機能がない!

この機能でよければ使ってみて下さい。