QualNet改造して状況を分析する前に、
まず最初に.statを詳細に分析することをお勧めします。
PHYで落ちているのか、MACで落ちているのか、などを確認して
どのレイヤで想定した数と合わなくなっているのかを分析してみる。

.statの統計情報で把握できなければStatistics Databaseを使って
より詳細な時系列情報で確認してみる。

まず既存機能で収集可能な情報を使ってみるのが良いと思います。