そもそも802.15.4がスリープモードを持っているのを忘れてました。
スリープモードに入る処理と、そこから復帰する処理が参考になると思います。

QualNetの作りそのものではなく、802.15.4のプロトコルについて
深く理解しているわけではないので、的外れだったらすみません。

実機だとPHYへの電源供給を止めればそこで止まりますが、
シミュレーションの場合には色々と手順が必要になります。

まず送信開始時(Phy802_15_4StartTransmittingSignal)に
送信を止めるための仕込を行っています。
色々計算してから、最終的には一定時間後に送信を止める
MESSAGE_Send(node,endMsg,delayUntilAirborne+duration+1);
の部分です。

これを何とか取り消さなければ(MESSAGE_Cancelしなければ)だめなので、
phy_802_15_4.cppを見ていたのですが、
Phy802_15_4TerminateCurrentTransmissionという関数がありますね。

どこで使われているのか調べると MACでFORCE_TRX_OFF という
状態を管理しているので、これを手掛かりにするとよいかもしれません。

受信の場合も、 Phy802_15_4SignalArrivalFromChannel で
一番最初に if ((phy802_15_4->mode != PHY_TRX_OFF)) しているので、
PHYの状態としてPHY_TRX_OFFも手掛かりになると思います。

他の部分で phy802_15_4->mode != PHY_TRX_OFF でチェックしている場所をみると、
PHY_TRX_OFFの場合は本来処理すべき処理を全く行わない作りになってますね。