デバッグのやり方、ですか?
QualNetの場合には、いくつか注意すべきことがあります。

まず、mainを含めて一部のソースコードがないという点。
したがって、シミュレーション開始から丁寧にトレースすることはできません。
でも実際には、PARTITION_InitializeNodes、PARTITION_Finalize、NODE_ProcessEvent などから
トレースすることができるので困ることはないと思います。

次に、QualNetのGUIをQualNet本体は完全に別のプログラムであるという点。
QualNetをGUI起動してデバッグするのは手順がややこしいです。
QualNet本体だけでデバッグすることで問題ないと思います。

また、QualNetの各Nodeのデータは、ほぼ全てがNode構造体に入っています。
Node構造体の定義や、各レイヤ毎の構造体の定義をすぐ参照できると便利です。

それ以外は一般的なプログラムのデバックと同じで、特別なことは無く
使用しているC(C++)コンパイラの環境に合わせてデバッグするだけです。

Windows環境の場合はVisual Studioの統合環境を使うと便利
(ほとんどのデバッグ操作がマウスクリックでOK)なので
積極的に利用した方が良いと思います。