完全独立の複数経路ならAODVベースで良いかもしれないですね。

>3.到着していた場合は破棄
>の部分を改変すれば良いと判断したのですが，正しいでしょうか？

はい。

>また，具体的には，破棄する場所にAodvInitiateRREP関数を追加するだけで，全経路に対してRREPを返すことができるようになるのでしょうか？

...出来そうに思います。
が、ちょっとやってみないと分かりません。
何か別の問題が発生するかもしれないですし
多分、（デバッグモード実行やデバッグ出力#define AODV_DEBUG 1 で）
動かしてみる方が早いかと。
# 誰か他に詳しい人、追加アドバイスあったらお願いしますー


あと、ついでですが、AODVだと
ルートが見つかるまでだんだん範囲(TTL)を広げていく筈なので、
ホップ数がだいぶ異なる複数ルートだと、ホップ数が多いルートの
RREQが伝わってこなかったりすると思うのでご注意ください。
AODV-TTL-INCREMENTとかそのあたり。

また、仮に、RREPがちゃんと全経路で返ったとしても、SRC側で複数経路登録する処理や、
実際にパケットを適切に振り分ける処理は別途実装する必要はあるかと思います。