一般的には、Node構造体に情報を追加する場合は最後の方に追加します。
QualNetのバージョンにも依存すると思うけど、
// Users should not modify anything above this line.
の真下ではなく、もう少し下に追加して下さい。
#ifdefが入っている場所であれば確実です。
例えば、#ifdef AGI_INTERFACE のブロックの次とか。
個人的には、一番最後が良いと思います。

蛇足ですが、Nodeには複数のPhyを定義することが出来ますよね。
今回は常に1個のPhyしか使わない前提であれば問題ないのですが、
今後複数のPhyを定義する場合は今の方法では管理できないです。