あの、正直なところ。全く質問の意図がつかめないです。
> QualNet Ver 6.1 もしくは 5.0.2 を使っております。
ここは、わかりました。
QualNet 6.1を使ったり、QualNet 5.0.2を使っている。

> その環境にて MANET 上で IPsec を動かすような
このあたりから、私が正しく理解出来ているか不安になってきます。
『MANET上で』というのは、AODVなどのモバイルアドホックネットワークを使うということで、
『IPsec』を動かすというのは、.configでIPSEC-ENABLED YESにすること。
ここまではわかります。

> プログラムを作ろうと思っています。
『プログラム』ですか、シナリオではなくって。

> IPsec ではどのような機能を実装することができますか?
『どのような機能』とはIPsecを使って何ができるのか? ということですか?
あえて答えるならば、頑張ればいろんなことができると思います。

もう少し具体的になりませんか?