こんにちは。
GUIでの連続実行というと、Batch Experiments という機能がありますね。
ノードやアプリケーションのプロパティ画面の右下に”Apply”,”OK”,"Cancel"ボタン
がありますが、その横に”Add To Batch”ボタンがあるので、これを駆使して
パラメータの値を変化させてバッチ処理できそうです。

複数のシナリオをGUIで連続実行というのは、できなさそうです。
でも、
＞作成したシナリオを順番にいっぺんにシミュレーションすることができれば
＞帰宅前にシミュレーションを実行して帰れるのですが
ということは、何もGUIを使う必要はないですよね。

QualNetはGUIを使わなければ、早いですよ。
コマンドプロンプトで、qualnet.exe XXXX.config とすれば、計算だけ行います。
つまり、予めシナリオファイルをたくさん作っておいて、batファイルに
qualnet.exe AAAA.config
qualnet.exe BBBB.config
qualnet.exe CCCC.config
・・・
って書いておいて帰るときに流しておけば、朝来ると終わっています。
もちろん、途中エラー終了した場合など、上記の単純記述でなく凝った方が
いいですが。