QualNetのApplication layerは、UDPやTCPのパケットを出します。
これはソースコード上で実装されているので、シナリオ設定で変更することは出来ません。
ソースコードの改造が必要です。

MACアドレスは、Node構造体から参照することになります。
もちろんソースコード上での参照です。
Node構造体は、ほぼすべての関数で引数として指定されているので、
Application layerに限らず参照可能です。
なお、MACアドレスが当該Nodeに複数ある場合の識別も考慮する必要があります。

OPNETがどのような方法で状態遷移をシナリオで指定しているのかはわかりませんが、
少なくともQualNetのシナリオでは状態遷移を定義することは出来ません。
その状態遷移ロジック部分を新たにソースコードで自作することになります。

リプライを返すApplicationとして、既存のプロトコルではFTPやHTTPがありますが、
そのほかにはLookupとSuper Applicationがあります。

したがって、方法として以下の手順が考えれられます。

既存のLoopupのソースコードをコピーしてくる。
Lookupの状態遷移を実現したい状態遷移に改造する。
LookupはUDPパケットを使うので、その部分をMAC直接に改造する。
この時のMACレイヤとの送受信については、
QualNet-5.2-ProgrammersGuide.pdf
4.4.4.3 Network Layer to MAC Layer Communication
4.4.4.4 MAC Layer to Network Layer Communication
などが参考になると思います。