yosioさん

ご質問は二点ですね。
基本的にAODVにしろ他のルーティングプロトコルにしろ、経路表(Routing Table, Forwarding Table)を使って経路を制御しています。つまり、経路を切り替えるには経路表を書き換えてやればいいわけですね。
以下、もう少し具体的に。

1．実際に経路切り替えを始める処理の仕組みが解りません．

私がアイデアを出してしまうと私を論文の共著者入れていただかないといけませんが(冗談です)、例えば切り替えたい経路を一旦切断したことにして、再度経路構築をするというのはいかがでしょうか？Local Repairの処理はとても参考になると思いますよ。つまり、経路が切れていなくても、「ローカルリペア可能」フラグを立ててしまうとかです。

その際に、再選択される経路を選ぶメトリクス(ホップ数とか)に、工夫をするんでしょうね。AODVだとRREQ(経路要求)を送信して複数のRREP(経路応答)が返ってきた時に、今は最短HOP数の経路を選んでいると思います。これを、別の指標で選ぶようにするんでしょうね。

2．又，経路切り替え処理を書く場所が解りません．

Local Repairと同じことをする(中継ノードで経路を切り替える)のであれば、Local Repairの処理をやっているところがまさにその場所です。

・経路切替の判断をした時点で経路表エントリに印をつけて切り替えたい経路が切れたことにする。
・データパケットが来てその経路を使おうとしたらLocal Repairを開始する。

これらは既に説明しましたね。加えて、RREPが返ってきた複数の経路から適切な経路を選択するコードを書けばいいと思います。多分、関数名からしてAodvHandleReply()あたりで処理しているんじゃないかな。
そういう目で見てみたら、こんなコメントが見つかりましたよ。

// The forward route for this destination is created or updated only if
// (i) the Destination Sequence Number in the RREP is greater than the
// node's copy of the destination sequence number, or
// (ii) the sequence numbers are the same, but the route is no longer
// active or the incremented Hop Count in RREP is smaller than
// the hop count in route table entry. Sec: 8.7

どんな経路を選択するかにもよりますが、このコメントにあるルールを変更すれば良いのなら、コメントの直後のコードに手を入れればいいでしょう。
もしかしたら、経路表のエントリと、RREPパケットに判断材料となる指標値を追加する必要があるかもしれません。

ちょっと親切すぎたかな？