あくまでも原則ですが、重複するパラメータが存在する場合、

1.Hierarchy(0)->Nodes->host->NodeConfigurations以下
2.Hierarchy(0)->NodeConfigurations以下
3.ConfigSettings以下

の順に、設定する範囲が狭いほど設定が優先されます。
ただし、各層の設定項目に、例えば"default"のような、より
上位の設定値に従うといった設定値が用意されているわけでは
ないため、

ConfigSettings->NodePositioning->Mobility->Mobility Model => Random Waypoint.
Hierarchy(0)->Nodes->host1->Mobility->Enable => False.

のような設定にしても、host1を除く全ノードのモビリティを
Random Waypointに設定することはできず、host1も含めた全
ノードが動いてしまい、直感とは異なった動作となります。
ソフトウェアの仕様のあるべき論は別として、QualNetは上記
のような作りになっています。

なお、開発元のSNT社のForumにも、"Parameters, stats and more"
というタイトルで同様の質問と回答が掲載されています。そちら
も合わせてご覧ください。