GUIでは、シミュレーション時間単位かイベント数単位かでステップ実行できるものだと認識しています。
イベント単位で毎回入力待ちにするならばNODE_ProcessEvent関数内にscanfなどの入力待ち操作を入れれば良いと思います。
シミュレーション時間単位でのステップ実行はちょっと難しい気がします。

#コマンドラインでステップ実行したい理由がちょっと気になります。