yu-riさんこんにちは

ソースコードのどこを変更するかは調べてみないとわからないので、network_ip.cpp等を調べて頂くとして、私ならこうやるという方法を書いてみます。
# 実際に試してはいません。
# 試した結果をForumに残して下さると、情報共有がされていいですね

まずIPレイヤの遅延の定義は厳密には人それぞれ違うかもしれませんが、今回は送信側が下位レイヤにパケットを渡す時刻Tと受信側が下位レイヤから受け取る時刻T+Δtの差である、Δtとします。

(1) IPから下位レイヤにパケットが渡る際に呼ばれる関数を探す
　　(NetworkLayerHasPacketToSendとかかもしれません。)
(2) 下位レイヤからIPにパケットが渡る際に呼ばれる関数を探す
　　(ReceivePhyFromMacみたいな名前の関数だった気がします)
(3) (1)で送信側が下位レイヤにパケットを渡す際にMessage構造体にMESSAGE_AddInfoなどで、シミュレーション時刻Tをのせておく
(4) (2)で受信側で下位レイヤからパケットを受け取った際にMESSAGE_ReturnInfoなどで、
　　送信側でのせたTと現在時刻との差分Δtを取得し記憶しておく
(5) Finalize関数で平均値を求め、IO_PrintStat等でstatファイルや標準出力に出力

遅延の定義が変われば、(1), (2)の位置は変わるかもしれませんが、(3)から(5)の処理は変わらないと思います。

参考になれば幸いです。