もしかしてGUIで実行するときに.scnファイルから開いていませんか？
4.5のGUIで作成されたシナリオは.scnファイルで保存され、シナリオ実行時に.configファイルに変更しているみたいです。
そのため、テキストエディタ等で編集したシナリオを.scnからGUIで実行すると上書きされてしまいます。
テキストエディタ等で直接編集した.configファイルをGUI上で反映させるためには、
GUIで.configファイルを選択し、右クリック->[Import Scenario]とすれば、
scenarios\user\以下に変更が反映された.scnとディレクトリが作成されるハズです。

5.0からはGUIで作成されたシナリオも.configで保存されるため、上書きされることは無いようです。