※※※推測です※※※
PROPAGATION-MAX-DISTANCEは4.5ではGUIに項目が無かったと思うので、上書きされてしまうのではないでしょうか？
5.0ではGUIに項目が追加されているので、おそらくはそのようなことは無いのではないかと思います。

普段はGUIでバッチ実行はせず、CUIのforループなどで実行するので、同様の現象に遭遇したことはありませんでした。