具体的にどのように.appを記述したのががわからないので、あくまでも憶測ですが。
CBRで期待した挙動を示し、FTP/GENERICでダメだということであれば、次のような事が考えられます。

CBRは単なるUDPの垂れ流しなので、送信相手からの返事が不要です。
FTPの場合は、FTPプロトコルによる相互通信になるため返事が必要です。
したがって、プロトコルオーバヘッドが発生します。

FTP/GENERICの場合、帯域を使いきる設定になっていない可能性があります。

UDPとTCPの差も考えられます。

いずれにせよ、いろんな可能性がありますが、
PHYレイヤスループットやMACレイヤスループットが期待した挙動を示しているのに、
より上位で異なる挙動になるのであれば、より上位の挙動を丁寧に調べるしかないです。