最後にもう少し。

ライセンスファイルを更新しただけなのに QUALNET_HOME の設定が変わってしまったのか。
そもそもライセンスファイルを更新する前から QUALNET_HOME の設定が異なっていたのか。
ライセンスファイルを更新する前はコマンドラインでの実行は行っていなかったのか。

結局のところ、何が本当の原因で動かなくなったのか、が解決されていないので、ちょっと気持ち悪いです。