引用：
そうすると他にすぐ思いつくのは、QUALNET_HOMEの設定、PATHの設定は正しくされていますでしょうか？
コマンドラインで実行すると直前に設定されているQUALNET_HOMEがそのまま使用されますが、
たとえば/hoge/4.5/gui/netbeans/bin/runide.shを実行すると、runide.shが動いている間は/hoge/4.5がQUALNET_HOMEに設定されます。
# 以下のようにするとrunide.sh実行時にQUALNET_HOMEがどこに設定されているかがわかります。

もし、ここでGUIとCUIで異なるQUALNET_HOMEが設定されていたら、CUIでGUIと同じように設定し試してみてはいかがでしょうか？

引用：
はい、それのことです。メッセージを信じるのであれば、CUIで実行した場合はconfigファイルのVERSIONやSEEDをqualnetが読み込めていないみたいですよね。

今すぐ思いついたのは以上の点です。