以下の手順を行ってみて下さい。

まず、~/qualnet/4.5/scenarios/user に default というディレクトリが
あると思います。GUIで何度もimportしている場合には、default_1 とか、
default_2 など、数字がついたディレクトリができているはずです。
その中の最新(数字が一番大きいもの)を覚えておいて下さい。

./qualnet/4.5/scenarios/defaultのdefault.condig を import します。
実行する必要はありませんので、そのまま保存(save)します。

~/qualnet/4.5/scenarios/user には先ほどの最新よりも新しいものが
出来ているはずです。仮に、default_最新 呼ぶことにします。
そのディレクトリに移動し、コマンドラインで
qualnet default.config を実行します。
結果を確認しておきます。全体の確認は大変なので、とりあえず最後
に出力される、Executed xxx events in のイベント数だけ控えておき
ましょう。

次に、GUIで ~/qualnet/4.5/scenarios/user にある default_最新 に
ある default.config を run します。
ここで、GUIの outputに表示されているイベント数を確認して下さい。
先ほどのコマンドライン実行と同じになっているはずです。

最後に、同じ default.config を import して実行してみて下さい。
イベント数は、同じでしたか、それとも異なったものになりましたか。