せっかくデータがあるのでしょうから、
一度やってみてはいかがでしょう?

qualnet 作成したコンフィグファイル.config

とすれば何らかの結果が出力されて、
正常にQualNetが終われば.statファイルが出来るはずです。

GUIで2万行読み込むということは、
画面に2万個の旗が表示されることになります。
現状のGUIでは、
仮に2万個の旗を表示することができたとしても、
画面が旗だらけになる事が予想されます。

シミュレーションの目的は実行後の結果ですか、
それとも、
実際に20Nodeが1秒間隔で1000秒間動くアニメーション表示ですか?

最終的にほしいアウトプットの種類により、
GUIとコマンドラインを使い分ける工夫が必要になってくると思います。