QualNetのGUI部分はJavaで作成されており、
XのRemote接続動作はかなり遅くなってしまいます。

また、Remote上の動作については、ASTEC-X 6.0などの
X Server側の作りに依存しているため、
今回ご案内した内容で改善されないかもしれませんが、
下記の設定が有効かもしれません。。

まず、QualNetを起動する前に、次の設定を行って下さい。
この設定は、Javaの起動オプションとして、

-Dsun.java2d.pmoffscreen=false

を指定するための操作となります。

ご利用のLinux login shellがsh(bash)の場合

set _JAVA_OPTIONS='-Dsun.java2d.pmoffscreen=false'; export _JAVA_OPTIONS

ご利用のLinux login shellがcsh(tcsh)の場合

setenv _JAVA_OPTIONS '-Dsun.java2d.pmoffscreen=false'

その後、runide.sh でQualNetを起動します。

ASTEC-X 6.0上での確認は行っておりませんが、
多少は改善するとおもわれます。

このJavaのオプションについては、
下記URLに詳細が記載されています。

http://java.sun.com/products/java-media/2D/perf_graphics.html

なお、他のリモート接続ソフトウェアであるVNCでは、
遅くはなるものの、実用に耐えないほどの表示の低下は
見受けられませんでした。

Linux側のVNCサーバはFedora用バイナリパッケージあります。
また、Windows側のVNCクライアントは、以下のVNCが高速です。
http://sourceforge.net/projects/ultravnc
これらのご利用もご検討下さい。