残念ながら現在のQualNetのGUIには
traceファイルの書き戻し機能はないです。

フィルタリングの内容にも依存しますが、
ソースコードを変更するのであれば、
trace結果を自分の好きなフォーマットで出力させて、
その結果を自分でフィルタリングすることで代用できませんかね。

./main/trace.cpp にいろんな関数があります。
具体的に1パケット分のデータを書き出しているのは、
TRACE_PrintTraceXML という関数です。
この関数の中でXML形式に変換してファイルに書き出しています。

丁寧に改造するなら、
TRACE_WriteXMLTraceHeader とか TRACE_WriteXMLTraceTail も
改造する必要がありますが、それは気にしないのであれば、
TRACE_PrintTraceXML の中身を自分の処理しやすい形式で
書き換えてしまえばよいです。

関数の中をみると解りますが、難しいことはやってません。
fprintf (fp, hogehoge);
しているだけです。

csvにするもよし、htmlにするもよし、
gnuplot形式で扱いやすい形式にするもよし...

せっかくソースコードが公開されているので、
一度チャレンジしてみてはいかがでしょう。