> おそらくシミュレーションのはじめに確保するメモリが不足して
> 起こる問題だと思うのですが、
これは、具体的にどこのメモリの事でしょうか。

たとえば、10Nodeで実行した時のメモリ使用量と、
1000Nodeで実行した時のメモリ使用量に変化がありますか?

変化がなければ『シミュレーションのはじめ』の処理で確保するメモリ量が
一定の量だと考えることができます。

『シミュレーション途中でエラー』になるということは、
シミュレーション中に動的にメモリを確保し、
確保すべきメモリが足りなくなったと考えることができます。

実際に発生している状況はどのような状況ですか?
具体的に何かエラーメッセージが表示されていますか?

Windows?、Linux?、MacOS?、32bitOS?、64bitOS?、
GUIでの実行?、コマンドラインでの実行?