> GUIでRunしようとQualnetを起動すると，
この、起動方法が肝です。

.scnファイルを指定するとダメです。
そのフォルダにもぐって(フォルダを開いて)
.configファイルを右クリックします。
そして、importするか、run scenarioして下さい。

.scnファイルをそのままクリックすると、
.scnファイルに記述されている内容が優先されてしまいます。