.defaultってありましたっけ?

それはともかく、GUIは単にシナリオ用のデータを生成する機能だと割り切った方が良いです。
Node配置など、お手軽にNode座標を生成してくれて、それが.nodesファイルとして生成されるわけです。

気合を入れればGUIを使わずにゼロからシナリオ用のデータをテキストエディタで作れますが、
実際にやってみるととてもめんどくさい。

> GUIでは利用不可
利用というと漠然としてますが、GUIでRunするだけならほとんどの場合問題なく動くと思います。
でもimportには失敗することがあります。