MessageはQualNetの世界でNode内の各レイヤ間の情報のやり取りとか、
タイマ設定などのイベント制御で使うことを主な目的としています。
もちろん、自由なデータをstruct message_strに追加することは可能ですし、
自由に使ってかまいません。

しかし、現実の世の中ではMessageなどは存在しません。

Node間のデータのやり取りをMessageで行うことも可能ですが、
あくまでもQualNetだからできることです。

たとえば、ルーティングプロトコルがNode間でプロトコルデータのやり取りを行う場合、
UDPパケットやTCPパケットのデータ部分(ペイロード部分)にプロトコルの情報を詰め込みます。
アプリケーションにおいても、FTPなどはFTPのプロトコル情報をパケットのデータとして
ノード間でやり取りしています。
それぞれのプロトコルが、それぞれのプロトコル仕様に従った情報をパケットのデータとして
処理しています。

QualNetにおける処理についても同じです。
情報に応じたパケットサイズ(Byte)が物理的に何Bitになるのかを計算しています。
そのBit列を相手に届ける時間はは何秒がかかるのか、
エラーの発生率により実際にそのパケットが確実に届くのか、
などなど。
現実の世の中の処理をできるだけマネします。

パケットデータ(ペイロード部分)を使うことをお勧めします。