環境にも依存しますが、WindowsよりもLinuxの方がやりやすいでしょう。

さすがに1000回はないですが、100回ならやったことあります。
結果をcsvにして、Excelに取り込んで、GraphをVBマクロで生成して...
QualNet実行後が大変でした。

基本的にコマンドラインで実行すればよいので、
qualnet ほげほげ.config
をひたすら繰り返せばよいです。

で、ほげほげ(.configとか.appとか.nodesなどなど)を1000パタン考える。
その場で生成してもよし、本当に1000パタン作り置きするもよし。
所詮はテキストファイルなので好きなように作れます。

> 1，トポロジーの自動生成（その都度ランダム配置で）
ずばり、ランダム配置はありますが、接続までは自動ではありません。
無線にしてコンパクトに配置し、電波が届く範囲内にしておきます。
で、アドホック系のプロトコルであれば大丈夫でしょう。
有線の場合は、一旦手で作ってからノードの位置だけを差し替えるのかな。

> 2，自動的実行
出来ます。って、QualNetを連続で動かすという意味の自動的でよいのかな。
GUIはすっぱりあきらめましょう。コマンドラインでOK。

> 3，値の自動保存
一回実行する度に、その結果をとっとくしかないです。
自分でファイルをオープンして常にアペンドしてもOK。

> 4，これらのことを例えば1000回繰り返す．
スクリプト書いて、一生懸命ループさせることで出来ます。