ipotenさんありがとうございます．

<例えばなにか余分なヘッダがついたりして、
<TCPでは1500byteと余分byteのセグメントを交互に
<送っていたりするということはありませんかね。
1500byte以外にやりとりしているものはTCP-ACKしかありませんが，これはデータではないので上記のデータ数には入らないと思われます．

<試しに巨大なファイル1個をアップロードするような設定にしても
<同様の現象が発生するでしょうか？
<(例えば、1.5GBのデータをTCPで1500byte×100万セグメント送信する。
ipotenさんの言うとおりに一つの端末がAPに1.5GBのデータをTCPで1500byte×100万セグメント送信する環境でシミュレーションしてみました．（シナリオ，コンフィグファイルは添付しています）
これより，アプリケーションレイヤでの受信データ数は1000000に対し，TCPレイヤでの受信データ数は1178257でした．これはstatファイルのTCP Data Packets Receivedを見ています．（送信側のTCP Data Packets in Sequenceは1180775より若干差があるが）間違っているかもしれませんが，受信側を見ているので再送数は気にする必要はないと思います．

そこで生じる疑問はなぜアプリケーションでの受信データ数よりTCPレイヤでの受信データ数の方が多いかです．これには他にどのようなことが考えられでしょうか？
TCP2.zip