こんにちは

単にMACのCSMAの遅延を反映しているのではないでしょうか。

== ノード2と3が隠れ端末でない場合 ==
お互いにキャリアセンス可能のため、
バックオフによるアクセス遅延が発生。
これがFTPのスループット低下に反映される。
(ただしMACで衝突による再送はなし)

== ノード2と3が隠れ端末関係にある場合 ==
お互いにキャリアセンスできないため、
アクセス遅延なしでバシバシ投げる。
タイミング的には衝突しているが、BER=0なので全部受かる。
結果的に最大スループットが出る。

ここまではつじつまはあっていると思います。

問題は、ichikoさんの計算するTCPのスループットが
どちらのケースでも高く出ているということ。
このシナリオではFTP/GENERICのアイテムサイズが1500byteとなっていますが、
例えばなにか余分なヘッダがついたりして、
TCPでは1500byteと余分byteのセグメントを交互に
送っていたりするということはありませんかね。
試しに巨大なファイル1個をアップロードするような設定にしても
同様の現象が発生するでしょうか？
(例えば、1.5GBのデータをTCPで1500byte×100万セグメント送信する。
FTPのセッション時間で割れば、同様のスループットが算出できると思います。)