> 通常MACで指向性アンテナを使用しても、
> ルーチングではオムニアンテナで経路を構築してしまう

あくまでも一般論ですが、ルーティングプロトコルがどのようなアンテナを使うかなどは、全く気にしていないはずです。

具体的に、どのような状況なのでしょうか。