pyontaさん、返答ありがとうございます。

引用：

なるほど、tcptrace でコネクション毎の xplファイルを作成しても
Node1 の OUTPUT と Node2 の INPUT は同一コネクションのため
同じパケットを重複してxplファイルに吐き出しているということですね。

ということで、シナリオ全体でトレースするのでなく、
下記のように調べたいノード毎にトレースするように configファイルを書換えてみました。


この設定でシナリオを実行したところ、
グラフの再送を示す赤い表示が消えました。

ありがとうございました。