初めまして。
エラー内容は、定かではないですが、パッケージ構成が違う為に起きている可能性もあります。

例：「入力ファイル '..\..\obj\transport\debug\rsvp.obj' を開けません。」
→$QUALNET_HOME/transport/rsvp.cppがあるかどうか確認する、など

もしかしたら、色々修正するよりも、新たにプロジェクトを作る方が楽かもしれません。
割と簡単に作成できる方法がInstall Guideに記述されているので、是非参照してみて下さい。
　・ドキュメントInstallation Guideの「1.5.2 Compiling from GUI」

なお、こちらはMakefileを利用したプロジェクト設定になるようですが、VC++2005のIDE環境を利用してのデバグなども、問題なくできます。

ご参考になれば幸いです。