自分は(Windows環境なので、、)Cygwinをよく利用してます。
awkやsed系のコマンドを併用して、configファイルの"SEED"パラメータ値を逐次書き換えor事前に準備して、シェルスクリプトで回すのが楽かなぁ、と思いました。

ソースを弄るのであれば、方針だけですが、node->seed[3]を初期化する部分を変更する、という感じでしょうか。
cf:node.cpp, Node* NODE_CreateNode();
（恐らく、スクリプトで回す方が大分手間が少ない気はしますが）

ご参考になれば幸いです。