forzakbfcさん、こんにちは。

私も試してみました（ただし .NET 2003のVC++7を使ってます）。
Experiment Name の指定の仕方は User's Guide の
7.1.1 Executing QualNetによると、
(1) config ファイルに EXPERIMENT-NAME を書く
(2) qualnet.exe の第2引数として与える
があるようです（へぇ〜）。

(1)の方法で、configファイル(hoge.config)に、
"PACKET-TRACE YES"
"EXPERIMENT-NAME QualNetPyon-ta"
を設定＆保存。
コマンドプロンプトを開いて、*.config を保存したフォルダに移動して、

qualnet.exe hoge.config

とすると、

2006/11/16 20:02 35,218 QualnetPyon-ta.stat
2006/11/16 20:02 136,439 QualnetPyon-ta.trace

と言う具合に、意図通りのstatファイルとtraceファイルが出力されました。また、特にエラーメッセージやダイアログも表示されませんでした。

ところが、
(2)の方法で、
configファイル(hoge.config)の設定は、
"PACKET-TRACE YES"
"EXPERIMENT-NAME QualNet" (デフォルト)
として、

qualnet.exe hoge.config QualNetPyon-ta

とすると、シミュレーションが実行されて、
QualnetPyon-ta.stat　
.TACE.0
の２つのファイルが書き出されました。

そのあと、コマンドプロンプトには、
Error in file ..\addons\license\main.cpp:867
Could not open m怖゛ツスwt file for writing.（文字化けしてます）
Please check the permissions or free space of your directories.

abnormal program termination

という表示が出ました。forzakbfc さんの報告された症状と似ています。

"Visual C++ 2005 Express Edition"では(1)の方法でもうまくいきませんか？