前回のMessageについての説明が分かりづらかったみたいですみません。もう少し詳しくしておきました。↓

まず、Engine は Message をスケジューリングします。
Message には、Packet そのものをあらわす場合と、Timer のためのイベントを表す場合の2種類あり、Messageの使い方は以下のようになっています。
○Packet そのものの場合
　　・レイヤ間のインターフェースの引数として使用。
　　・Packet として使われる Message を イベントとしてスケジューリングするために使用。この時は当然、対となるイベントハンドラとなる関数があって、この場合のイベントハンドラは、スケジューリングしたパケットを処理することになります。スケジューリングが必要な際には MESSAGE_Send 等のAPIが使われます。
○Timer イベントの場合
　　・Message を イベントとしてスケジューリングするために使用。（特定のパケットに依存しない、何らかの処理をある時間に呼び出したい場合）


>QualNetのソースコードを見て、あまりの多さに愕然としているのですが…
・・・確かに多いですよね。はじめからこのほとんどを理解しようとすると、ケッコウ大変なのでは？と思います。
基本的には、プロトコルの改良には、必要な部分（修正するプロトコルの下位、上位レイヤとのインターフェース）を抑えておけば大丈夫だと思います。
プロトコルの改良についても、プログラマーズガイドに記載してあるはずなので、ソースだけでなくこちらも参照したほうがよいかも？

フォーラム、参考になりそうでよかったです。ほかにもいろいろ検索してみるといいかもしれませんね。