ririさん、はじめまして。こんにちは。
離散型シミュレーションについては自分なりに理解しているつもりです。
ですが、不安もあるのでプログラマーズガイドの3章も読んでみます。ありがとうございます。

＞プロトコルは、Messageのやり取りによって設定されています。
Messageのやり取りとや、スケジューリング、タイマーというのは、いつ
メッセージが出されてそれを受け取るとタイマーによってなんらかのプロトコルメカニズムが実行されるといった様な仕組みになっているのでしょうか？

例えば、あるプロトコルの制御メッセージにそのプロトコルには存在しない別の項目を記述し、それを生かしてルーティングなどを改良する場合、そのメッセージがプログラムの別の部分（2層や3層のインターフェース部分など）で認識されず、コンパイルが通らないなどの弊害はないのでしょうか？

QualNetのソースコードを見て、あまりの多さに愕然としているのですが…このソースコードは、一度全てに目を通してからプロトコルの改良に踏み切ったほうがいいと思ったのですが、その為にも最悪でも2層から5層までのプロトコルの一連の流れを理解できないものかと思いました。
プロトコルの改良には、その様な流れを理解する必要なく、必要な部分だけ動作を理解すれば、可能ということでしょうか？

ririさんが紹介してくれたフォーラムは、大変参考になりそうです。
丁寧親切なコメント大変感謝しております。ありがとうございます。
今後ともまたよろしくお願いいたします。