引用：

基本的にシナリオの作成（シミュレーション条件の設定）は
GUIベースで行えます。また、GUIが使用するシナリオ設定用
ファイルとqualnet.exe(シミュレータ）が使用するファイル
は分かれています。

GUIは .scn ファイルを作成し、ここにXML形式でシナリオを
書き出してくれます。

次に run ボタンを押すと .scn ファイルのあるディレクトリ
にシナリオファイル名と同名のディレクトリが作成されます。
このディレクトリ内に各種のシミュレーション実行用ファイル
が作成されます。
例えば、

といったものです。これらは全てテキスト形式であり、
フォーマットは User's Guide や各種ライブラリのマニュアル
に説明が記述されています。
ここで xxxx.config が最も重要なファイルで、この中でxxxx.nodes
、xxxx.app ファイルなどが指定されています。

最後にGUIの実行ボタンを押すと GUIは qualnet.exe を

といった形で実行します。

従って、ほとんどの場合、config ファイルをユーザーが記述
する必要は無く、GUIで設定することが可能です。
もちろん、config ファイルをテキストエディタで編集して
コマンドプロンプトより qualnet.exe xxxxx.config として
実行していただいても構いません。

引用：

ネットワーク層以上の振る舞いについて、着目しないのであれ
ば、必要はないです。この場合、
TCP -> TCP lite
IP -> IPv4
Routing -> dynamic, bellman ford
というプロトコルが使用されます。
これらで問題が無いようでしたら、変更する必要はありません。
ただし、ルーティングプロトコルによっては、無線区間にパケット
を送信する間隔が変わってきますから、検討する必要があると
思います。ルーティングプロトコルの影響を排除したければ
スタティックルーティングにする必要があるかもしれません。

引用：

ダウンロードサイトにQualNet-3.9.5-ProductTour.pdfという
ドキュメントがあると思います。これがチュートリアル的
な役割を果たします。

引用：

通常、Qualnetで出力されるスループットは、アプリケーション
レベルでの End-End のスループット値です。

mac レベルでのスループットの考え方は色々とあると思います
から、この部分はユーザーが測定するするコードを追記する必要
が出てきます。（例えばアプリのデータのみ、あるいはルーティング
パケットも対象とするとか）

mac レイヤで受信パケットを処理する部分や、送信イベントに
あたる関数でユーザー定義の統計値を更新する必要があると
思います。