GloMoSim は使ったことはないです。GloMo　と QN が
全く同じモデルを使っているとは思えないです。
新しい QN のほうが詳細なモデルになっているから遅い
ということはあると思いますが。

200ノード、200フローといったら結構な量ですし・・
時間がかかって当然といえば当然のように思います。

無線のモデルなら、 Channel のセッティングで Propagation
Limit を上げてやれば少しはましかと。
一応、この値以下の電力しか持たない PDU　については受信
処理が行われません。

あとは、.11 のモデルなら RTS Threshold を変えてやる
とか・・　ですかね。

ご参考になりましたら幸いです。