私は 900 ノード程度で実行しましたが、そのときは
IDEは使いませんでした。重いですし、この数になると
さすがに自分でシナリオ作ったほうが効率的でした。

数万ノードというのは多分 シミュレータ単体の話だと思いますよ。
IDE と qualnet.exe は別のプログラムですし。