位置を指定するノードの数も多いので
ソース内で設定できた方がよいという意味と考えてよいでしょうか。
一つの方法としてあげてみます。

・IDEからの設定
1.<choices.xml>を編集し、位置をソース内で設定したいノードの
　ノードIDが設定できるようにしておく。
　例えば開始IDと終了IDのキーを追加する。
2.Experiment→Place Nodesでランダムに配置し、1で追加したIDを
　設定する。

・ソースの編集
　<node_positions.cpp>で定義される
　関数SetNodePositionsWithFileInputsの中でnodesファイルを
　読み込んだ後、該当するノードIDについて位置を再設定する。


また、新たに配置タイプを追加し、新たに作成した関数内で
ランダム配置、位置指定の配置を行いたい場合は以下のように
するとできます。
ただしこの方法はIDEからノードの設定を個別に行うことは
できません。

ノードを配置しないでシナリオを実行すると、
ConfigSettings→Node Positioning→Nodes→Number of Nodesの設定と
ConfigSettings→Node Positioning→Nodes→Node Placement Strategy
の設定からノードが自動配置されますが、それと同じようにして
新たに定義した配置タイプで配置する方法です。

・IDEからの設定
1.<choices.xml>を編集し、ConfigSettings→Node Positioning→
　Nodes→Node Placement Strategyに新しい配置タイプを追加する。
　新しい配置タイプの下などに、開始ID、終了IDも追加しておく。
2.シナリオを開き、ノードを配置せずに、新しい配置タイプを選択し、
　ランダム配置と位置指定配置のノード数の和を
　ConfigSettings→Node Positioning→Nodes→Number of Nodes
　に設定し、開始IDと終了IDを設定する。

・ソースの編集
1.<node_positions.cpp>内に定義されている
　関数SetNodePositionsRandomlyを参考に、新しい配置を行う関数を
　作成する。
2.<mobility.h>内に定義される型NodePlacementTypeに新しいタイプ
　を追加する。
3.<node_positions.cpp>内に定義されている
　関数MOBILITY_SetNodePositionsにif文を追加して、
　新しいタイプを選択した時に作成した関数が呼ばれるようにする。

以上参考になれば幸いです。