具体的にどのくらいの値を設定しているのかは分かりませんが、
パケットサイズが大きいときには、
⇒パケットロスが発生しやすい
⇒パケットサイズが大きいときにロスするとスループットに与え
る影響は大きい

ということになると思います。また、どれくらいロスするかは
SINRとBERから決まります。ロス率をあえて設定したいなら
BER曲線を自分で作成するということになるのだろうと思います。

スループットの平均的な値を知りたいのであれば、シードを変え
て何回か実行し平均を取ることが望ましいと思います。

その他、トポロジやRTS Threshold なんかも影響があると思います。