> "クリーンコンパイル"とはどのように行えばよいのでしょうか。

ええと、Windows環境のようですから、それを前提とします。

一番確実な方法です。
QualNetのiconでGUIではない方をクリックして、cmd windowを開きます。

そうすると、%QUALNET_HOME%\bin のはずなので、 cd ..\main でmainに移動。

ここで、
nmake -f Makefile-windows-vc7 clean
か
nmake -f Makefile-windows-vc8 clean
を実行します。ここまでが クリーン の部分。

その後、
nmake -f Makefile-windows-vc7
か
nmake -f Makefile-windows-vc8
を実行します。これれが コンパイル(とリンク)の部分。

これだけです。vc7なのかvc8なのかは使っているコンパイラに合わせて下さい。

これでダメなら、改造したソースコードを見直すしかないです。