これまでの話から、TCPを修正し、MANET環境で中継ノード
にバッファを持たせて、再送の代理処理を起こさせたいと
いったニュアンスであることは分かるのですが・・

ご存知のとおり、通常ルーティングはIPレイヤで行われます
よね・・
TCPは End-End のプロトコルですから、中継パケットは
Transport レイヤまでは上がってこないと思いますので、
そもそもTCPを修正する前に、まずは、TCPに無理やりパ
ケットを上げるところからはじめなければいけないのでは
ないかと思います。

MSG_TRANSPORT_FromNetwork　というイベントが IPレイヤ
から Transport レイヤに Message(Packet)を上げる
ときのイベントになります。

これで、とりあえず中継パケットを上位に上げてしまう
ことはできます。ただ、このパケットを tcp_input の
関数に読み込ませても、自分宛のパケットでないわけ
ですから、Dropされてしまうと思います。このあたり
を改良された中継のためのTransportレイヤプロトコル
お考えのようですが、この範囲はjunpeiさんのご研究
の詳細をご存知の方で無い限り、頂いた情報からだけで
すと、我々にもどこに何を埋め込むべきかはわかりません。