一部引用の順序を変更しています。

> 送信側バッファが受信側バッファにあきがあるかを確認できる、
> もしくは受信側バッファが送信側バッファにあきがあるのを知らせるプログラムを組みたいんですが、

何らかの情報(たとえば受信側バッファ容量,受信側バッファ使用量)を受信側から送信側へ送るわけですね。
これは、受信側がデータを受信した応答として送信側へ応答を返せばよさそうですね。

受信側バッファからからアプリケーションにデータが転送される行為は、アプリケーション側主導で行われます。
したがって、受信側バッファにデータが届きそれがアプリケーションに通知されても、
そのデータが受信側バッファに転送され、結果として受信側バッファに空きができるのはアプリケーション側の処理内容に依存します。

ここで、
> ノードの受信側バッファと送信側バッファでパケットがどう行き来するかを知りたかったからです。

についてですが、ネットワークからデータ届いてアプリケーションまで届く流れについてはすでに紹介させていただきました。
その逆ですが、送信側のアプリケーションからネットワークに流れるまでを同様に記述してみます。

1: User Application
↓
2: Send Socket Buffer
↓
3: Socket Send System Call
↓
4: User to Kernel Copy (Buffer to mbuf)
↓
5: TCP Protocol Processing
↓
6: IP Protocol Processing
↓
7: Device Driver
↓
8: Network Controller

となります。

一般的なTCP/IPであればバッファ制御が動的に行行われます。
まず、mbufをキーワードにしてTCP/IPを調査すると色々なことがわかってくると思います。